由于操作对象的特殊性，高等级生物安全动物实验室在建设理念、设施要求、设备配置、人员培训及防护、废物处理等方面不同于非感染性动物实验室。
建设理念：
非感染性动物实验室主要考虑如何避免人和外界环境对实验动物和设施内部造成的污染，而高等级生物安全动物实验室设施还要考虑如何防止感染动物传染人、动物间的交叉感染以及防止动物携带的病原微生物泄露出设施后对人和外界环境造成的生物危害，即高等级生物安全动物实验室设施的设计原则主要是做到“三保护”：保护实验人员、保护实验动物和保护环境。
设施要求：
与非感染性动物实验室相比，高等级生物安全动物实验室在结构安全等级、抗震设防、耐火等级等方面要求更高，不允许使用循环风，要求送排风一用一备且具有自动切换模式。实验室内气流由辅助区流向防护区，最终流入核心区操作间，保证由清洁区流向污染区的定向气流。
设备配置：
高等级生物安全动物实验室常用的动物饲养及操作设备，包括负压独立通风笼盒（IVC）、负压饲养柜、隔离饲养柜、生物安全柜、负压解剖台等。对于小型实验动物，如啮齿类和兔类，可用生物安全柜代替负压解剖台进行实验操作。此外，实验室使用的压力蒸汽灭菌器需要配置能对排出空气和冷凝气进行过滤处理的耐高温、疏水型高效过滤装置。
人员培训及防护：
除了常规的实验动物专业知识培训外，人员的生物安全培训是重点。实验室应建立实验室人员培训制度和培训计划，定期、持续性开展人员培训工作，培训内容应包含生物安全基本知识、生物安全管理体系文件、新技术新方法、感染性动物实验操作、数据处理、应急预案、防火及紧急避险等相关知识，并对培训进行考核和效果评估，每半年将考核培训结果上报省级主管部门。人员防护上，应根据风险评估选择适合的口罩、工作帽罩、手套、工作服、防护服、鞋套、护目镜、正压防护头罩、生命支持系统等个体防护装备进行科学合理、适度的个体防护。操作时，与非感染操作不同，对人员手部防护是重中之重，除了需配备双层塑胶手套以外，还要佩戴不锈钢软钢丝网孔的防割手套或防止动物抓咬伤的高强度防抓咬手套或绝缘手套等特殊防护手套。
废物处理：
废气方面，高等级生物安全动物实验室产生的废气应先经高效过滤器过滤，然后再经废气处理装置（活性炭吸附、水喷淋吸收、紫外光分解等）除去氨气和硫化氢后，方可排出；产生的废水应经废水灭活设备进行灭活，经检验合格方可排入污水处理设备进行处理，合格后才可排至市政污水管道；实验过程产生的固体废物，都应经合适打包后，经高压蒸汽灭菌后方可带离实验室。大型实验动物的尸体还应适当切割后再进行高压蒸汽灭菌，必要时还可进行第二次高压蒸汽灭菌处理，以保证灭菌彻底。高压蒸汽灭菌处理时，应采取可靠的方法对灭菌效果进行验证，如果条件发生改变，如打包方式、灭菌条件发生变化，都应事先进行灭菌效果验证。
只有在做好“保护实验人员、保护实验动物和保护环境”的基础上，才能充分发挥高等级生物安全动物实验室在生命科学研究中不可取代的重要作用。
